首先，作为不同的药物剂型，所用的辅料、制备工艺和质量标准是不同的。
红霉素软膏属于皮肤外用制剂，而红霉素眼膏属于眼用制剂，
眼膏剂要求在清洁、无菌环境中进行生产，生产环境、制备工艺和质量标准的要求是远高于软膏的。软膏剂药典要求不得检出金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌，而眼膏剂要求不得检出任何细菌。
其次，两种药物所含红霉素浓度不同
用于皮肤的红霉素软膏浓度是1%，而用于眼部的红霉素眼膏浓度是0.5%。
最后，两者适用范围也是不一样的
红霉素软膏用于：脓疱疮等化脓性皮肤病、小面积烧伤、溃疡面的感染或者寻常痤疮。红霉素眼膏用于：沙眼、结膜炎、眼睑缘炎及眼外部感染。
眼膏剂使用方法
用药前需清洁双手，将药物挤到下眼睑内，避免眼膏剂的管口接触眼睑和眼球，眨眼数次，尽量使眼膏在眼睛分布均匀，闭眼休息。因为眼膏剂较为黏稠，影响视觉，一般在睡前使用。如果同时使用滴眼剂和眼膏剂应先使用滴眼剂，5-10分钟后再用眼膏。多次使用和使用超过1个月的眼膏剂不要再使用。
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